2004年9月，休斯辞去了威尔士国家队主教练的职务，转而执教布莱克本流浪者队，他最后一次以球员身份效力于布莱克本流浪者队。休斯当赛季不仅带领球队成功保级，还帮助球队40年来首次晋级足总杯半决赛。在执教布莱克本的第二个赛季，休斯取得了更好的成绩英超四大豪门，包括在联赛中两次击败阿森纳和曼联英超四大豪门，让俱乐部有机会参加下赛季的联盟杯。
2008年6月3日，马克·休斯被曼城以500万英镑违约金挖走，成为曼城新任主教练，合同为期三年。
2009年12月19日，在执教18个月、斥资近2亿英镑引进球员但仍未能取得成果后，曼城解雇了他，由曼奇尼继任。
2010年加盟富勒姆，带领球队取得英超第八名。然而，为了追求新的挑战，休斯于2011年6月辞职。
2012年1月加盟斯托克城，成为女王公园巡游者队（QPR）的主教练，随后率队成功保级。 2012/13赛季，QPR几乎更换了全部主力阵容，引进了很多曾效力于豪门俱乐部的球员。但12轮联赛过后，他们只取得了4平8负的糟糕战绩。 2012 年 11 月 23 日英超四大豪门，马克·休斯被解雇。
2013年5月30日，斯托克城正式宣布聘请休斯担任球队新任主教练，接替赛季结束后离开的托尼·普利斯。双方签订了为期三年的合同。